A kollégium Szeged történelmi belvárosában, a Dóm tér belváros felé nyúló sarkánál fekszik. 1948-ban az államosítások során a Szegedi Tudományegyetem, majd egyetemek szétválásával a Szegedi Orvostudományi Egyetem kezelésébe került a Szeged-Csanád Egyházmegye tulajdonát képező, Szeged, Dóm tér 5. számú épületrész, melyet az egyetem kollégiumnak és oktatási célokra használt. Ekkor vette fel Apáthy István zoológus egyetemi tanár nevét.
Eredetileg diákszállóként, később diákotthonként működött, 1960-ban nyerte el a kollégium címet. Általános orvos-, fogorvos - és gyógyszerészhallgatók nyertek benne elhelyezést. Minden évben 30-45 külföldi (ciprusi, görög, keletnémet, libanoni, szíriai, kubai, kolumbiai, stb.) hallgató is lakott a kollégiumban. 1984. januárjában átadták az újonnan épült épületszárnyat (Új Apáthy Kollégium). A volt egyházi ingatlanok tulajdoni helyzetének rendezése kapcsán, a Régi Apáthy Kollégiumot az Egyetem 1992-ben a Szeged-Csanád Római Katolikus Egyházmegyének visszaadta.
Az Apáthy István Kollégium jelenleg is a Szegedi Tudományegyetem Általános Orvostudományi Kar kari kollégiumaként működik. Az intézmény 234 férőhelyes, három ágyas fürdőszobás.
A kari kollégium elsősorban orvostanhallgatókat vesz fel, de üres férőhelyre más karok hallgatóit is elszállásolunk. A kollégiumhoz közel vannak az Egyetem oktatási termei, gyakorlati helyei.
A kollégiumban a hallgatók által választott Diák Bizottság működik, mely tervezi, szervezi és irányítja a kollégium közösségi munkáját, kulturális és sporttevékenységét.
A kollégium előnye a belvárosi fekvése, a fürdőszoba és Internet csatlakozási lehetőség a lakószobákban, a megfelelő számú tanulószoba biztosításával adottak a nyugodt tanulás feltételei, és lehetőség van jó kollégiumi közösségek kialakítására is.